竹巴噶舉的起源可溯及十一世紀時的馬爾巴大譯師。
他曾經多次前往印度向聖者那若巴求學，再將所得傳予西藏最知名的隱修聖者密勒日巴。
密勒日巴傳至其如日心子岡波巴時，稱為塔波噶舉；塔波噶舉衍生出四分支，其中由帕摩竹巴所傳出者，稱為帕竹噶舉。
那若巴>馬爾巴>密勒日巴>岡波巴(塔波噶舉)>帕摩竹巴(帕竹噶舉)+其他三分支
帕竹噶舉復衍生出八支派，其中由凌卿惹巴所傳出者，稱為凌惹噶舉。

帕摩竹巴(帕竹噶舉)>凌卿惹巴(凌惹噶舉)+其他七分支
凌卿惹巴尊者的第一心子臧巴甲惹在建寺時，因為九龍昇天而正式將凌惹噶舉更名為竹巴噶舉。竹巴噶舉傳承從此確立。
凌卿惹巴(凌惹噶舉)>臧巴甲惹(竹巴噶舉)
臧巴甲惹，也就是第一世的嘉旺竹巴法王，在廣為度眾弘法後，其法脈除了主座傳承外，復衍生出上竹、中竹、下竹等，共四大傳承。
在藏地素有「世人半竹巴，竹巴半乞丐，乞丐半覺者。」此一諺語形容竹巴噶舉傳人之眾與成就之卓越。直至今天，實修傳承相傳至今不曾中斷，成就者亦歷代輩出。

此一殊勝傳承的歷代祖師簡介如下：

•帝洛巴 •那若巴 •馬爾巴 •密勒日巴 •岡波巴 •帕摩竹巴 •凌卿惹巴 •臧巴甲惹